DNSサーバをお名前.comのを利用するか、VPSサーバのを利用するかができますが、
VPSサーバをサブドメインごとに会社を変えることができるように「お名前.comで管理する方法」がいいかと思います。

• VPSのグローバルIPが割り与えられるので、お名前.comでドメインとグローバルIPのAレコードを登録する方法です。
• VPSサーバをサブドメインごとに会社を変えることができる。

• NameServerをVPSサーバ側のDNSを権限移譲して、VPSサーバ側のDNSサーバで設定を行う方法です。
• すべてVPNサーバ会社のDNSを利用し、サーバを使います。

以下の方法は、お名前.comで管理する方法です。

お名前.comで、ドメイン登録する

VPSサーバは固定のグローバルIPが割り与えられているので、グローバルIPを確認します。

さくらインターネットの指示に従いサブドメインのNSをさくらインターネットのNSに変更する。

1. 「ドメイン設定」「ネームサーバの変更」
2. 「ネームサーバーの設定」から「DNS関連機能の設定」
   
3. 設定したいドメインをチェックして、「次へ進む」
4. 「DNSレコード設定をする」
   
5. 以下のように登録する

   ホスト   sub            <--- ホストなしでもOK。
   TYPE     a
   VALUE    xx.xx.xx.xx

6. 「転送用のネームサーバー(01.dnsv.jp / 02.dnsv.jp / 03.dnsv.jp / 04.dnsv.jp)に変更する」はチェックないでいいでしょう。もし、お名前.com(0X.dnsv.jp)以外のDNSサーバを利用している場合は、チェックしましょう。

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