そもそも公開ディレクトリに公開しないファイルは置かないことが前提です。
不要なファイルを置いている場合は削除しましょう。
それでも置かなければならない場合は、アクセス制御をしっかりする必要があります。

公開ディレクトリのアクセス制御のの方法として、.htaccessを利用します。

ディレクトリにアクセスした際に存在するファイルの一覧表示されると、見られたくないファイルも分かってしまうのでこの設定をします。

Options -Indexes

#-Indexesができない場合
IndexIgnore *

Deny from all

<Files ~ "^\.ht">
deny from all
</Files>

<Files ~ "^([\._]ht|README$|VERSION$|COPYING$)">
    Order allow,deny
    Deny from all
</Files>

AuthType Basic
AuthUserFile /home/user01/XXXX/passwd
AuthName secretpage
require valid-user

特定のドメインの時だけアクセス許可し、違うドメインの場合はアクセス拒否する。

例えば、example.comならOKとし、example2.comならアクセス禁止にする

SetEnvIf Host "^example\.com$" hos_ok
order deny,allow
deny from all
allow from env=hos_ok

/home/user01/www/
              .htaccess         (1)公開ディレクトリ全体の制御

              example1/
                 .htaccess      (2)example1の制御（例えばBasic認証設定、特定のドメインの時だけ許可）
                 dokuwiki/
                    .htaccess   (3)dokuwiki用
                 backup/
                    .htaccess   (4)backupディレクトリ用

              example2
                 .htaccess      (2')example2の制御
                 dokuwiki/
                    .htaccess   (3')dokuwiki用
                 backup/
                    .htaccess   (4')backupディレクトリ用

#Options -Indexes
IndexIgnore *

<Files ~ "^\.ht">
deny from all
</Files>

#Basic認証をする
AuthType Basic
AuthUserFile /home/user01/XXXX/passwd
AuthName secretpage
require valid-user

#example1.comの時だけ許可
SetEnvIf Host "^example1\.com$" hos_ok
order deny,allow
deny from all
allow from env=hos_ok

<Files ~ "^([\._]ht|README$|VERSION$|COPYING$)">
    Order allow,deny
    Deny from all
</Files>

## Uncomment these rules if you want to have nice URLs using
## $conf['userewrite'] = 1 - not needed for rewrite mode 2
RewriteEngine on

RewriteRule ^_media/(.*)              lib/exe/fetch.php?media=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^_detail/(.*)             lib/exe/detail.php?media=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^_export/([^/]+)/(.*)     doku.php?do=export_$1&id=$2  [QSA,L]
RewriteRule ^$                        doku.php  [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}       !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}       !-d
RewriteRule (.*)                      doku.php?id=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^index.php$               doku.php

このバックアップ用のディレクトリはHTTPアクセスを禁止する

Deny from all

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