デフォルトのテンプレートを編集すると、DokuWikiをバージョンアップした時に元に戻ってしまいます。
今まで編集してきたテンプレートをオリジナルテンプレート化してしまいましょう。
オリジナルテンプレートをコピーするのは、コマンドですと以下になります。
cd (略)lib/tpl/ cp -pr dokuwiki newname
オリジナルテンプレートでも、管理画面のサイト設定からできる横幅の設定やリンクの色の設定は別のディレクトリに保存されています。
テンプレートと同じようにディレクトリごとコピーしましょう。
cd (略)conf/tpl/ cp -pr dokuwiki newname
あとは、新しいディレクトリを編集していきます。