そもそも公開ディレクトリに公開しないファイルは置かないことが前提です。
不要なファイルを置いている場合は削除しましょう。
それでも置かなければならない場合は、アクセス制御をしっかりする必要があります。
公開ディレクトリのアクセス制御のの方法として、.htaccessを利用します。
ディレクトリにアクセスした際に存在するファイルの一覧表示されると、見られたくないファイルも分かってしまうのでこの設定をします。
Options -Indexes #-Indexesができない場合 IndexIgnore *
Deny from all
<Files ~ "^\.ht"> deny from all </Files>
<Files ~ "^([\._]ht|README$|VERSION$|COPYING$)">
    Order allow,deny
    Deny from all
</Files>
AuthType Basic AuthUserFile /home/user01/XXXX/passwd AuthName secretpage require valid-user
特定のドメインの時だけアクセス許可し、違うドメインの場合はアクセス拒否する。
例えば、example.comならOKとし、example2.comならアクセス禁止にする
SetEnvIf Host "^example\.com$" hos_ok order deny,allow deny from all allow from env=hos_ok
/home/user01/www/
              .htaccess         (1)公開ディレクトリ全体の制御
              example1/
                 .htaccess      (2)example1の制御(例えばBasic認証設定、特定のドメインの時だけ許可)
                 dokuwiki/
                    .htaccess   (3)dokuwiki用
                 backup/
                    .htaccess   (4)backupディレクトリ用
              example2
                 .htaccess      (2')example2の制御
                 dokuwiki/
                    .htaccess   (3')dokuwiki用
                 backup/
                    .htaccess   (4')backupディレクトリ用
#Options -Indexes IndexIgnore * <Files ~ "^\.ht"> deny from all </Files>
#Basic認証をする AuthType Basic AuthUserFile /home/user01/XXXX/passwd AuthName secretpage require valid-user #example1.comの時だけ許可 SetEnvIf Host "^example1\.com$" hos_ok order deny,allow deny from all allow from env=hos_ok
<Files ~ "^([\._]ht|README$|VERSION$|COPYING$)">
    Order allow,deny
    Deny from all
</Files>
## Uncomment these rules if you want to have nice URLs using
## $conf['userewrite'] = 1 - not needed for rewrite mode 2
RewriteEngine on
RewriteRule ^_media/(.*)              lib/exe/fetch.php?media=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^_detail/(.*)             lib/exe/detail.php?media=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^_export/([^/]+)/(.*)     doku.php?do=export_$1&id=$2  [QSA,L]
RewriteRule ^$                        doku.php  [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}       !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}       !-d
RewriteRule (.*)                      doku.php?id=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^index.php$               doku.php